Mission La CIA, ou Commission inter-associative, regroupe des associations membres du Conseil désireuses de mener des actions communes. Son principal objectif est d'oeuvrer à la solidarité entre les associations et d'assurer une meilleure visibilité gaie et lesbienne. Elle comporte une quinzaine de membres et se réunit une fois par mois afin de préparer des événements fédérateurs. Ces associations s'engagent pour l'année à soutenir les actions de la commission et à trouver parmi leurs adhérentes et adhérents des bénévoles pour assurer le bon déroulement de ces actions.

Activités La CIA organise le salon du "Printemps des Associations" et subventionne la réalisation de chars associatifs pour la Marche de la Lesbian & Gay Pride. Durant cette Marche, elle prend en charge l'organisation du service d'ordre et de l'octroi et produit un ensemble de messages sur le thème de la lutte contre les discriminations, diffusés sur les chars désireux de soutenir cette action. Par ces actions, la CIA assure son indépendance financière et ne bénéficie d'aucune subvention publique ou privée.